氨基酸连接键主要是肽键。

氨基酸是构成蛋白质的基本单位，在生物体中，氨基酸之间通过特定的化学键相互连接形成多肽链，进而折叠、盘绕形成具有复杂空间结构的蛋白质。肽键是一个氨基酸的α - 羧基（ - COOH）与另一个氨基酸的α - 氨基（ - NH₂）脱水缩合所形成的化学键，其化学结构为 - CO - NH - 。

从反应过程来看，当一个氨基酸的羧基中的羟基（ - OH）和另一个氨基酸氨基中的氢原子（ - H）结合生成一分子水，然后羧基的碳和氨基的氮相连，就形成了肽键。这种连接方式使得氨基酸能够依次相连，形成肽链。由两个氨基酸通过肽键相连形成的化合物称为二肽，多个氨基酸通过肽键依次相连就形成了多肽。

肽键具有一些重要的性质。它具有部分双键的性质，不能自由旋转，这对于多肽链和蛋白质的空间结构形成有着重要影响。肽键是蛋白质一级结构的主要连接方式，而蛋白质的一级结构又决定了其高级结构和功能。此外，肽键在一定条件下可以被水解，比如在酸、碱或蛋白酶的作用下，肽键断裂，蛋白质或多肽就会分解为氨基酸或小肽片段。

除了肽键外，在蛋白质分子中，氨基酸残基之间还存在其他的相互作用和连接方式。例如，二硫键是由两个半胱氨酸残基的巯基（ - SH）氧化形成的，它可以在不同的肽链之间或同一肽链的不同部位之间形成交联，对维持蛋白质的空间结构稳定性起着重要作用。另外，还有氢键、离子键、疏水相互作用等非共价键，它们共同参与蛋白质高级结构的形成和稳定，使得蛋白质能够具有特定的生物学功能。但从氨基酸直接连接成链状结构的角度来说，肽键是最关键的连接键。