胆固醇代谢调节受到多种因素的影响。首先是饮食因素。食物中胆固醇的摄入量对体内胆固醇代谢有重要作用。当摄入大量富含胆固醇的食物时，肠道吸收的胆固醇增加，这会反馈抑制肝脏中胆固醇合成的关键酶羟甲基戊二酸单酰辅酶A（HMG - CoA）还原酶的活性，从而减少肝脏自身胆固醇的合成。相反，低胆固醇饮食会使该酶活性增加，促进肝脏胆固醇合成。而且，食物中的脂肪类型也有影响，饱和脂肪酸可使肝脏合成胆固醇的能力增强，而多不饱和脂肪酸则能降低血浆胆固醇水平，可能是通过抑制HMG - CoA还原酶的活性以及促进胆固醇的转运和排泄来实现。
激素水平也会对胆固醇代谢产生显著影响。胰岛素能诱导HMG - CoA还原酶的合成，从而增加胆固醇的合成；同时，胰岛素还能促进脂肪组织摄取葡萄糖，合成脂肪并储存，间接影响胆固醇的代谢。甲状腺激素一方面能增强HMG - CoA还原酶的活性，促进胆固醇合成，但另一方面，它又能增加低密度脂蛋白（LDL）受体的活性，加速血浆LDL的清除，且促进胆固醇转变为胆汁酸排出体外，总体结果是使血浆胆固醇水平降低。
细胞内胆固醇含量也参与自我调节。当细胞内胆固醇含量升高时，它会抑制HMG - CoA还原酶的活性，减少胆固醇的合成；同时抑制LDL受体的合成，降低细胞对LDL的摄取，从而维持细胞内胆固醇的平衡。此外，年龄、性别和运动等也会影响胆固醇代谢。随着年龄增长，胆固醇合成和代谢能力会发生变化；女性在绝经前血浆胆固醇水平通常低于同龄男性，绝经后则逐渐升高；适当的运动可以提高高密度脂蛋白（HDL）水平，促进胆固醇的逆向转运，有利于胆固醇的清除和代谢。
