伦理学的基本理论是临床助理医师在处理医疗伦理问题时的重要依据，主要包括以下几种：

首先是后果论，也称为目的论。后果论认为一个行为的道德价值完全取决于它的后果。其最具代表性的是功利主义，功利主义强调行为的对错应该以行为所产生的最大幸福或快乐为标准，追求“最大多数人的最大幸福”。在医疗领域，医生在决定是否开展一项新的治疗方案时，会考虑该方案能否为更多患者带来最大的健康收益，这就是后果论的体现。

其次是义务论，义务论强调行为本身的正当性，而不关注行为的后果。康德是义务论的典型代表，他认为道德行为应基于绝对命令，即某些行为本身就是正确或错误的，无论其后果如何。在医疗中，医生有救死扶伤的义务，即使治疗可能没有明显的效果或者会面临很大的困难，医生也应该尽力去救治患者，这体现了义务论的观点。

再者是美德论，美德论关注的是行为者的品德和道德品质。它强调一个有道德的人应该具备诸如善良、公正、勇敢、诚实等美德。在医疗实践中，医生不仅要有精湛的医术，还要有良好的医德，如关爱患者、尊重患者的隐私等，这些美德有助于建立良好的医患关系，促进医疗工作的顺利开展。

此外，还有关怀论，关怀论强调人际关系和情感联系的重要性，注重对他人的关怀和照顾。在医疗情境中，医生要关注患者的情感需求，给予他们心理上的支持和安慰，让患者感受到温暖和关怀。

这些伦理学基本理论在临床实践中相互补充、相互影响，临床助理医师需要综合运用这些理论来解决实际的伦理问题，以保障患者的权益和医疗工作的公正、合理开展。