树皮含小檗碱，木兰花碱，黄柏碱，掌叶防已碱，内酯，甾醇等。
果实含赛奥林-NP36，匹西狄醇-A，尼洛替星，尼洛替星乙酸酯，二氢尼洛替星，N-甲基弗林德碱，黄柏呈，苦楝子酮，无羁萜，4，10-二亚甲基-7-异丙基-5（E）环癸烯酸。
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另有报道从黄皮树皮中分离得到线型呋喃香豆精类化合物。同属植物秃叶黄皮树树皮含四氢小檗碱，四氢掌叶防已碱，四氢药根碱，黄柏碱，木兰花碱，β-谷自甾醇。从其愈伤组织中分得小檗碱。台湾黄檗茎和树皮含小檗碱，非洲防已碱，药根碱，掌叶防己碱，黄柏碱，芬氏唐松草定碱，木兰花碱和唐松草芬宁碱。
