激光共聚焦扫描显微镜可改变观察的焦平面，因而能进行“光学切片”，观察较厚样品的内部结构。将改变焦点获得的一系列细胞不同平面上的图像叠加后，可重构出样品的三维结构。
激光共聚焦扫描显微镜既可以用于观察细胞形态，医学教|育网搜集整理也可以用于细胞内生化成分的定量分析、光密度统计以及细胞形态的测量。
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