南通大学药学院由原南通医学院药理学系和药学系组建而成。1984年开始培养药理学硕士研究生，2003年开始招收药学专业本科生。近十年来，药学院依托南通大学基础医学（学科群）优势，在药理学龙头学科的引领下，借助于飞速发展的苏中经济与高度发达的江苏医药行业，现已建成为国内高素质优秀药学人才的培养基地。

药学（一级学科代码：1007）涵盖6个二级学科（药理学、药物分析学、药剂学、生药学医学教育网编辑整|理、药物化学、微生物与生化药学）其二级学科药理学（代码：100706）2005年被国务院学位办批准为硕士学位授权点，2006年被授予南通大学校级重点学科。经过近5年来的学科建设，本学科已形成一定规模：

人才团队：本学科具有一支素质优良、作风严谨的学术队伍，科技人才梯队：引进海外高层次人才1名，聘客座教授1人，现有教授4人，副教授9人，讲师12人，助教3人，研究生导师15人。其中：博士14人，硕士5人；在读博士6人。

人才培养：本学科现有硕士生导师6人，近5年来，培养硕士研究生25人，毕业21人，授予硕士学位24人（其中3人为在职读学位），目前在读硕士研究生36人；本学科每年承担药学、医学类各专业本科生和研究生3000多人次的教学任务。

条件建设：本学科为南通市生物医药研究重点实验室依托学科，重点实验室2006年被南通市列为科技基础设施建设计划（项目编号：DA2006001），其药学专业2007年被列为省部共建专项建设计划，先后投入基础设施建设经费近150万，其学科实验室现已初步建成：拥有300多万仪器设备，建筑面积达1600多平方，实验室环境与设施达到国内领先水平。另建有“生物医药”网站1个为南通市科技局网站主页门户。

研发投入：近5年来，获各类建设经费近200万；承担国家、省及市厅各类各级课题36项，研究经费300多万医学教育网编辑整|理。

研究方向：本学科研究方向—“心血管疾病分子病理机制及其药物防治研究”为申博授权学科基础医学第五研究方向，研究方向主要包括：①中药现代化与分子靶点研究；②动脉粥样硬化分子机制与药物防治研究；③心肌肥大与心衰靶向蛋白研究；④天然药物有效成份分离与鉴定研究。

创新成果：近5年来，本学科在国内外期刊上发表论文100多篇；其中：SCI源收录（一级权威）30多篇、二级权威40多篇、核心期刊30多篇；获市厅级科技进步二等奖4项；申请国家发明专利8项，获授权发明专利6项。

产学研成就：本学科研究骨干具有与企业合作从事生物医药研发30多年的基础与经历，先后与企业合作或受企业委托承担过各类中西医药研发项目30多项，绝大多数成果转化为生产力，其中有知名品牌“盖天力”、“富硒康”、“安奇”；创新药moxonidine、tenoxicam等。近5年来，与MTC南通迈特生物技术有限公司、美国LAB所、南通伟康医药研究院及南通安惠生物科技有限公司合作的产学研项目5个。服务地方经济：近5年来，本学科与企业合作研发的“二苯乙烯苷口服液抗动脉粥样硬化制剂”、“百叶散胶囊抗肿瘤制剂”、“复方火炭星胶囊抗艾滋病制剂”正在申报临床研究批件中；与南通安惠生物科技有限公司合作的南通市工业创新项目：中药“灵芝三萜类化合物保健品研制”，业已产生经济效益，年销售8000万元，上缴利税100多万元。与MTC中国南通迈特生物技术有限公司、美国现代制剂研究所（AdvancedDeliverySystemLAB）国际合作项目“高纯度紫杉醇提取与产业化开发研究”，年销售紫杉醇原料1200万元，，上缴利税120多万元。