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大肠液是一种碱性的液体（pH8.3-8.4），其主要成分为大量的粘液、水、碳酸氢盐等。大肠液可保护肠粘膜免遭机械损伤和润滑大便，减少或阻止粪便中的大量细菌活动对肠壁的影响，但大肠内有多种细菌，主要是大肠杆菌、葡萄球菌等，呈菌群集落方式分布，各菌群相互间能相互制约繁殖生存。若滥用抗生素可导致菌群失调而致病。也有些细菌能利用食物残渣合成B族和K族维生素。细菌产生的酶能分解食物残渣产生沼气、氨等有毒成分。
大肠的运动方式有混合运动（袋状往返运动）和推进运动（蠕动和集团运动）。
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