当医疗机构发现甲类传染病时，应当立即启动应急预案，并采取以下措施：
1. 及时报告：医疗机构在发现甲类传染病病例后，应该迅速向当地疾病预防控制机构和卫生行政部门报告疫情情况。
2. 隔离治疗：对确诊或疑似为甲类传染病的患者实施隔离治疗，防止疾病扩散。同时做好医护人员个人防护工作，避免交叉感染。
3. 流行病学调查：配合疾控部门开展流行病学调查，追踪密切接触者并进行医学观察，必要时采取相应的防控措施。
4. 消毒处理：对可能被污染的环境、物品等进行彻底消毒，减少病毒传播风险。
5. 健康教育与宣传：向患者及其家属提供正确的健康指导信息，提高公众自我保护意识和能力。
6. 协调资源：合理调配医疗资源，确保甲类传染病患者的及时救治及防控工作的顺利开展。
