东莨菪碱和阿托品都是抗胆碱药，主要作用是通过阻断乙酰胆碱对M受体的作用来发挥其药理效应。但是两者在临床应用中有一些不同的特点。

首先，在药效强度上，东莨菪碱的外周抗胆碱作用比阿托品弱，但其中枢抑制作用较强。这意味着东莨菪碱对于缓解胃肠道平滑肌痉挛、减少腺体分泌等外周效应不如阿托品明显，但在镇静和减轻患者焦虑方面效果较好。

其次，在临床应用上，由于东莨菪碱具有较强的中枢镇静作用，因此它常用于麻醉前给药以减轻患者的紧张情绪，并能有效预防或减轻术后恶心呕吐。而阿托品则更多地应用于缓解内脏绞痛（如胃肠痉挛）、抑制腺体分泌、治疗缓慢性心律失常等方面。

再者，在不良反应方面，东莨菪碱的副作用相对较小，尤其是对于老年人来说，使用东莨菪碱比使用阿托品更安全。但是需要注意的是，由于其较强的中枢作用可能导致患者出现幻觉或定向障碍等精神症状，因此在老年痴呆症患者中应谨慎使用。

最后，在药物代谢动力学方面，东莨菪碱的半衰期较短，约为2-3小时；而阿托品的半衰期则较长，大约为1.5-4小时。这意味着东莨菪碱的作用时间相对较短，可能需要更频繁地给药才能维持疗效。

综上所述，虽然东莨菪碱和阿托品都属于抗胆碱药物，但它们在作用强度、临床应用、不良反应以及代谢动力学方面存在一定的差异，在实际使用时应根据患者的具体情况选择合适的药物。