西医体格检查和中医的望闻问切都是临床诊断的重要方法，但两者在理论基础、操作方式以及目的上有所差异。

首先，在理论基础上，西医体格检查是基于解剖学、生理学等现代医学知识，通过视诊（观察）、触诊（触摸）、叩诊（敲击）和听诊（听取内脏声音）等方式对患者的身体状况进行评估。而中医的望闻问切则是建立在中国传统医学理论之上，通过对患者的面色、舌象、脉搏等外在表现以及病史的详细询问来判断病情。

其次，在操作方式上，西医体格检查依赖于医生的专业技能和一些辅助设备如听诊器、血压计等工具来进行。中医则主要依靠医生的经验和个人感官，通过观察患者的精神状态（望）、听取患者的声音及呼吸情况（闻）、与患者交流了解其症状发展过程（问）以及触摸患者的脉搏来判断疾病性质（切）。

最后，在目的上，虽然两者最终都是为了明确诊断、制定合理的治疗方案，但西医体格检查更侧重于发现具体的病变部位和生理功能异常；而中医望闻问切则注重整体观念，强调辨证施治，即根据患者的整体状况来确定病因病机，并据此进行个体化的调理。

尽管有上述区别，但在实际临床应用中，两者可以相互补充、相得益彰。例如，在面对某些复杂疾病时，结合使用西医的精确检查结果和中医的整体调养方法往往能够取得更好的疗效。