细菌性痢疾，也称为志贺菌感染，是由志贺菌属（Shigella）的几种不同血清型细菌引起的一种肠道传染病。该病主要通过消化道传播，常见的传染源为带菌者或患者的粪便污染的食物和水源。对于细菌性痢疾病原学的确诊，最常用且最为有效的样本是粪便。
在临床实践中，医生会要求疑似患者提供新鲜的粪便标本，用于实验室检测。实验室技术人员会通过显微镜检查、培养以及生化反应等方法来分离并鉴定志贺菌。如果从患者的粪便中成功分离出志贺菌，并且经过进一步的血清学分型确定为致病性菌株，则可以确诊患者感染了细菌性痢疾。
此外，在某些情况下，如患者腹泻严重导致脱水或无法排便时，也可以考虑使用直肠拭子作为替代样本。但总体而言，粪便是最为常见和首选的检测材料，因为它能够更准确地反映肠道内的病原体状况，对于疾病的早期诊断具有重要价值。
总之，细菌性痢疾的确诊主要依赖于从患者粪便中分离出志贺菌，这是目前最常用也是最可靠的方法。
