咽喉肿痛在针灸治疗时，选穴需根据不同的证型进行合理选择，主要分为实证和虚证两种情况。

实证咽喉肿痛多由外感风热、肺胃热盛所致。在选穴上，以手太阴、手足阳明经穴为主。常用主穴包括少商、合谷、尺泽、内庭、关冲。少商为手太阴肺经的井穴，点刺出血可清泻肺热，为治疗喉证的要穴；合谷为手阳明大肠经原穴，善治头面诸疾，能疏风清热、通络止痛；尺泽是手太阴肺经的合穴，具有泻肺火的作用；内庭为足阳明胃经的荥穴，可清泻胃热；关冲为手少阳三焦经的井穴，能清泻三焦之火，消肿利咽。配穴方面，如果是外感风热，可加风池、外关以疏风解表；肺胃热盛则加厉兑、鱼际，厉兑为足阳明胃经井穴，鱼际为手太阴肺经荥穴，二者配合可增强清泻肺胃之热的功效。

虚证咽喉肿痛多因肺肾阴虚、虚火上炎引起。选穴以足少阴经穴为主，主穴有太溪、照海、列缺、鱼际。太溪是足少阴肾经原穴，能滋阴补肾、润喉止痛；照海属足少阴肾经，通于阴跷脉，与列缺相配，可调节阴跷脉经气，利咽消肿；列缺为手太阴肺经的络穴，通任脉，能宣肺解表、清利咽喉；鱼际为手太阴肺经荥穴，可清肺热、利咽喉。若伴有阴虚火旺，可加三阴交、复溜以滋阴降火；咽干甚者，加廉泉以增液润燥。

总之，针灸治疗咽喉肿痛选穴需依据具体证型灵活运用，以达到最佳的治疗效果。