阿托品类生物碱主要包括阿托品、东莨菪碱、山莨菪碱等，它们在临床上有广泛的用途。

在解除平滑肌痉挛方面，阿托品类生物碱可用于治疗多种内脏绞痛。比如胃肠绞痛、膀胱刺激症状如尿频、尿急等，效果显著。对于胆绞痛和肾绞痛，虽然单独使用效果可能欠佳，但可与镇痛药如哌替啶合用，以增强疗效。这是因为这类药物能松弛多种内脏平滑肌，尤其对过度活动或痉挛的平滑肌作用更为明显。

在抑制腺体分泌上，可用于全身麻醉前给药，以减少呼吸道腺体及唾液腺分泌，防止分泌物阻塞呼吸道及吸入性肺炎的发生。也可用于严重的盗汗及流涎症，通过抑制汗腺和唾液腺的分泌来改善症状。

在眼科领域，阿托品可用于虹膜睫状体炎，能松弛虹膜括约肌和睫状肌，使之充分休息，有利于炎症的消退，还可预防虹膜与晶状体的粘连。此外，阿托品还可用于验光配镜，因为它能使睫状肌调节麻痹，晶状体固定，从而准确测定晶状体的屈光度。不过由于其作用持续时间较长，现已少用，儿童验光时仍可使用。

在缓慢型心律失常方面，阿托品类药物能解除迷走神经对心脏的抑制，可用于治疗迷走神经过度兴奋所致的窦房阻滞、房室阻滞等缓慢型心律失常，也可用于治疗继发于窦房结功能低下而出现的室性异位节律。

在抗休克方面，大剂量的阿托品类药物能解除血管痉挛，舒张外周血管，改善微循环，可用于暴发型流行性脑脊髓膜炎、中毒性菌痢、中毒性肺炎等所致的感染性休克。

东莨菪碱还具有中枢抗胆碱作用，可用于防治晕动病，与苯海拉明合用效果更好；也可用于抗震颤麻痹，能缓解帕金森病患者的震颤、流涎等症状。山莨菪碱主要用于感染性休克和内脏平滑肌绞痛，其作用与阿托品相似，但副作用相对较少。