在鉴别醌类化合物的结构时，可以采用多种化学和物理方法。首先，通过颜色反应来初步判断。醌类化合物通常具有特定的颜色，如苯醌、萘醌等呈现黄色或橙色。其次，可以利用紫外光谱（UV）分析，醌类化合物在紫外区有特征吸收峰，这有助于确定其基本骨架。

进一步地，红外光谱（IR）可用于鉴定分子中的官能团。例如，醌类化合物在1650-1700 cm^-1处会有明显的羰基伸缩振动吸收峰。质谱（MS）可以提供分子量信息，并通过碎片离子的分析来推断结构特点。

核磁共振光谱（NMR），特别是^1H-NMR和^13C-NMR，是确定醌类化合物具体结构的关键技术。它们能给出原子在分子中的位置及相互关系等详细信息。例如，在^1H-NMR中，可以观察到不同氢的化学位移；而在^13C-NMR中，则可看到碳原子的信号。

此外，X射线单晶衍射是确定化合物晶体结构最直接的方法之一，能够提供原子水平上的精确结构信息。

最后，结合各种化学反应特性也是鉴别醌类化合物的重要手段。例如，与肼或苯肼等试剂发生缩合反应形成腙；或者利用其还原性，在适当的条件下被金属如锌、铁粉等还原成相应的氢化物等。

通过上述多种方法的综合应用，可以有效地鉴定出醌类化合物的具体结构。