在医疗机构中，对于中药士的工作时间有严格的规定。如果超过工作时限，一般会有以下几个方面的处理方式：
1. 遵守劳动法：首先需要遵守国家的劳动法律法规，如《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等，确保员工的基本权益不受侵害。
2. 超时补偿：根据相关法律规定，中药士如果因工作需要而超时工作，单位应当给予相应的加班报酬或调休。具体标准按照国家规定执行，例如平时加班支付不低于工资150%的报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资200%的报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资300%的报酬。
3. 保障健康安全：长时间连续工作可能对个人身体健康造成不利影响。因此，在中药士超时工作的情况下，单位应加强对其健康的关注，并采取必要的防护措施以防止职业病的发生和发展。
4. 合理调配人力资源：为避免频繁出现超时工作的状况，医院等机构应当合理安排人员配置，提高工作效率和服务质量，确保每位员工都能在正常的工作时间内完成任务。
5. 专业培训与指导：对中药士进行定期的专业技能培训，提升其业务能力和工作效率，有助于减少因技术原因导致的加班情况发生。同时也要加强职业道德教育，培养良好的职业习惯。

总之，在处理中药士超时工作的问题上，既要维护员工合法权益，又要确保医疗服务质量和安全。