淡豆豉的发酵过程中主要涉及多种微生物，包括霉菌、细菌和酵母。其中霉菌如曲霉（Aspergillus）和青霉（Penicillium），它们在前期发酵中起重要作用，能够分解大豆中的大分子物质，比如蛋白质和多糖，从而为后续发酵提供小分子的营养物质。细菌方面，乳酸菌是重要的参与者之一，在无氧条件下通过发酵产生乳酸等代谢产物，有助于形成淡豆豉特有的风味和质地。酵母则在后期发酵中发挥作用，能够进一步改善产品的香气。
这些微生物共同作用下，不仅使原料中的成分得到充分转化，还生成了多种对人体有益的活性物质，如氨基酸、维生素等，从而赋予淡豆豉独特的营养价值和药用价值。不过需要注意的是，在实际生产过程中，具体的菌种组成可能会根据不同的工艺条件和地区传统有所差异。
