真菌类药材的鉴别主要通过以下几个方面来进行：
1. 外观特征观察：首先，可以通过外观来初步判断。比如形状、颜色、质地等。例如灵芝表面呈红褐色或紫黑色，有光泽，菌盖下部为白色至淡黄色。
2. 显微结构检查：使用显微镜观察真菌的细胞壁、孢子形态及排列方式等微观特征。不同的真菌其细胞结构和繁殖体（如孢子）的形状大小都有所不同，这是鉴别的重要依据之一。
3. 化学成分分析：通过化学方法检测真菌中特有的活性物质或其他重要化学成分。比如利用高效液相色谱法测定灵芝多糖含量，或者采用薄层层析技术分离鉴定特定化合物等手段来确认其身份。
4. DNA条形码技术：近年来随着分子生物学的发展，DNA条形码技术也被广泛应用于真菌类药材的鉴别中。通过比较不同样品之间的基因序列差异，可以准确地识别出物种间甚至种内的细微差别。
5. 生理生化反应测试：某些真菌还可能具有特殊的生理或生化特性，如对特定底物的代谢能力、酶活性等，这些也可以作为辅助鉴别的依据。

在实际操作中，通常需要结合以上多种方法综合判断，以确保鉴别结果的准确性。同时，在进行药材鉴别时还需要注意与相近种类之间的区分，避免误判。