菌类在中药中的应用非常广泛，它们具有多种药理作用，如增强免疫力、抗肿瘤、抗氧化、降血脂等。因此，在中医实践中，菌类被用来治疗各种疾病，主要包括：
1. 增强机体免疫功能：许多菌类含有丰富的多糖体，能够激活人体的免疫细胞，提高机体对疾病的抵抗力，对于亚健康状态、慢性疲劳综合症有一定的调理作用。
2. 抗肿瘤：一些药用真菌如灵芝、云芝等具有明显的抗肿瘤效果，可以抑制癌细胞生长和扩散，减轻放化疗副作用，改善患者的生活质量。
3. 调节血脂：部分菌类如红曲米能够降低血清胆固醇水平，预防心血管疾病的发生和发展。
4. 抗病毒与抗菌：某些真菌提取物具有良好的抗病毒活性，可用于辅助治疗流感、肝炎等病毒感染性疾病；同时也有一定的抑菌效果，对于细菌性感染有一定帮助。
5. 治疗消化系统疾病：如猪苓可利水渗湿，用于水肿、小便不利等症状；茯苓能健脾益气，适用于脾胃虚弱引起的食欲不振、腹泻等问题。
6. 其他方面：此外，还有一些菌类如冬虫夏草等在中医中被视为珍贵药材，用以补肾壮阳、延缓衰老等功效。
需要注意的是，在使用任何中药之前，最好咨询专业医师或药师的意见，确保安全有效。
