制药设备消毒灭菌是确保药品生产安全、有效的重要环节。主要的方法包括：
1. 物理法：这是最常用的消毒灭菌方式，主要包括热力灭菌和辐射灭菌。
   - 热力灭菌又可以分为湿热灭菌和干热灭菌。湿热灭菌适用于耐湿的物品，如水溶性药物、玻璃器皿等；而干热灭菌则适合于不耐湿或需要高温处理的材料，比如金属工具、油脂类物质。
   - 辐射灭菌通常使用γ射线或者电子束进行，对于无法承受高温的产品特别有用，例如一些塑料包装材料和成品药品。
2. 化学法：通过化学试剂来达到消毒灭菌的效果。常用的化学消毒剂有环氧乙烷、过氧化氢、甲醛等。
   - 环氧乙烷是一种气体灭菌剂，适用于不耐热的医疗器械及药物原料。
   - 过氧化氢能有效杀灭多种微生物，并且分解后生成水和氧气，对环境友好。
   - 甲醛虽然杀菌效果好，但由于其毒性较大，在使用时需严格控制条件。

3. 生物法：利用某些生物活性物质或其代谢产物来抑制、杀死微生物。例如，抗生素可以用于特定情况下的消毒处理。

在实际应用中，根据设备材质、药品特性以及生产环境的不同要求选择合适的消毒灭菌方法，并且要严格按照相关标准和规范操作，以确保整个制药过程的安全性和合规性。