保护中药配方的商业秘密是一个非常重要且复杂的问题，需要从多个角度来综合考虑。首先，企业应当建立健全内部保密制度，明确员工对商业秘密的保密义务，并通过签订保密协议等方式强化员工的责任感。其次，在研发过程中，可以采取分段管理的方式，即不同阶段的研究人员只掌握自己负责部分的信息，避免整个配方被单一或少数几个人完全掌握。
此外，对于重要的中药配方，企业还可以申请专利保护，虽然这可能会导致部分技术公开，但可以在一定期限内获得法律上的独占权。当然，并不是所有的商业秘密都适合通过专利方式进行保护，特别是那些难以复制、具有较高商业价值的核心技术，此时可以考虑采用商业秘密的方式进行长期保密。
在对外合作时也要特别注意，选择信誉良好、实力雄厚的合作方，并签订详尽的合同条款来约束对方的行为，必要时可要求其提供担保。同时，在宣传推广中避免泄露关键信息，保持一定的神秘感。
最后，企业还应该定期对内部保密措施进行审查和更新，确保其始终符合实际需要并有效防范风险。
