在根及根茎类中药的显微鉴别中，常用的显微特征包括：
1. 组织构造 特定类型的细胞或组织如石细胞、纤维、导管等，在不同药材中有其特定的存在形式和分布规律。例如，黄连中的石细胞群；甘草中的晶鞘纤维。
2. 淀粉粒 不少根及根茎类中药含有淀粉粒，它们的形态（圆形、多角形）、大小以及脐点特征都是重要的鉴别依据之一。如白术、山药等药材中可见到明显的淀粉颗粒。
3. 草酸钙结晶 许多植物体内存在草酸钙结晶，其形状多样，有方晶、针晶、簇晶等形式，在显微镜下易于观察并作为区分不同种类的标志。比如人参中的草酸钙簇晶。
4. 纤维和石细胞 这些硬质成分在药材中分布的位置及数量也是重要的鉴别点之一。例如黄芪纤维束明显；半夏含有大量的石细胞。
5. 导管类型 根据导管的形状（如孔纹、螺纹、网纹等），可以辅助判断某些特定种类的中药材，如丹参具有明显的孔纹导管。
6. 颜色反应 通过化学试剂处理后观察颜色变化来鉴别药材。例如用碘液染色可区分淀粉粒与其他物质；加硫酸溶液可见到部分药材产生特殊的荧光或变色现象。

这些显微特征结合宏观性状、理化性质等多方面信息，可以有效提高中药鉴定的准确性和可靠性。