中药在进行净制处理时，去除其非药用部位的主要目的有以下几个方面：
首先，提高药物的纯净度。通过去除根、茎、叶等非药用部分或杂质，可以确保药材中有效成分的比例更高，从而提升药效。
其次，保证用药安全。一些植物的某些部位可能含有毒性或者对人体有害的物质，如某些种子的种皮、果实的果核等，在入药前必须彻底清除这些部分以防止不良反应的发生。
再次，便于后续加工和使用。去除不必要的部分可以使药材更易于切片、粉碎或煎煮，有利于有效成分的溶出及吸收，提高药物的利用率。
最后，符合传统用药习惯。根据中医理论，不同部位的药材具有不同的性味归经特性，选择正确的药用部位对于保证临床疗效至关重要。因此，在实际操作中往往需要严格按照规定去除相应的非药用部分。
综上所述，中药净制时去除非药用部位是为了提高药物质量、保障患者安全、方便加工使用以及遵循传统用药原则。
