清除药物中的非药用部位是中药加工过程中的一个重要环节，其目的主要有以下几个方面：

首先，提高药材的纯净度。在采集和运输过程中，中药材可能会混入泥土、沙石等杂质，这些物质不仅没有药效，反而可能影响药物的质量，甚至对人体造成伤害。通过清除这些非药用部位，可以确保药材的纯正性，提升其品质。

其次，增强药效。很多中药的有效成分主要集中在特定的部分，比如根、茎、叶或果实等。如果将不含有有效成分或者含量极低的部分去除掉，可以使药物中有效成分的比例增加，从而提高药物的整体疗效。

再次，减少不良反应。一些药材的某些部分可能含有对人体有害的物质，如毒性成分或是过敏源，这些成分虽然在整株植物中的比例不大，但如果未经处理直接入药，则可能导致使用者出现不适症状。因此，在加工过程中去除这部分材料是非常必要的。

最后，便于储存和使用。非药用部位往往更容易吸潮、霉变或虫蛀，影响药材的保存期限。同时，对于一些体积较大但药用价值较低的部分进行剔除，也有利于提高中药材的运输效率，降低储藏成本。

总之，清除非药用部位不仅能够保证中药的质量安全，还能有效提升其治疗效果，是中药生产加工中不可或缺的一个步骤。