黄连是一种重要的中药材，其主要药效成分是生物碱。黄连中含有的主要生物碱有小檗碱（Berberine）、黄连碱（Coptisine）、掌叶防己碱（Palmatine）、表小檗碱（Epiberberine）、药根碱（Jatrorrhizine）等。
1. 小檗碱：是黄连中最主要的生物碱成分之一，具有广泛的药理作用，如抗炎、抗菌、抗病毒、抗氧化和抗癌等。小檗碱可以用于治疗消化系统疾病、心血管疾病以及一些感染性疾病。
2. 黄连碱：也是黄连中的重要活性成分，它与小檗碱在结构上相似，同样具有良好的抗炎、抗菌效果，并且对于降低血糖也有一定的作用。
3. 掌叶防己碱：这种生物碱主要存在于黄连及其它相关植物中，研究表明其对多种细菌有抑制作用，同时还有助于改善肠道健康状况。
4. 表小檗碱：是小檗碱的一种异构体，在药理活性上与小檗碱相似，但具体的作用机制和效果可能存在差异。
5. 药根碱：黄连中的另一重要生物碱成分，除了具有抗炎、抗菌作用外，还显示出对肿瘤细胞的抑制效应。

这些生物碱共同构成了黄连的主要药效基础，使得黄连在临床上被广泛应用于清热解毒、燥湿止痢等方面。不过需要注意的是，在使用含黄连制品时应遵循医嘱，合理用药，避免不良反应的发生。