医疗机构制剂批准文号的有效期通常为三年。这一规定出自《中华人民共和国药品管理法》及其相关实施条例，旨在确保医疗机构配制的制剂在有效期内的质量和安全性。具体而言，医疗机构在获得制剂批准文号后，需要严格按照国家药品监督管理部门规定的标准进行生产，并定期对产品质量进行检测。
需要注意的是，在有效期届满前6个月，医疗机构应当向原审批机关申请再注册，以延续批准文号的有效性。如果在此期间未能完成再注册或未通过审查，则该批准文号将自动失效，此后不得继续使用此批号进行制剂的生产与销售。此外，不同地区可能有一些差异化的管理措施，因此建议具体咨询当地药品监督管理部门了解更详细的政策信息。
同时，医疗机构还应建立健全的质量管理体系，确保在整个有效期内持续符合国家关于药品生产的各项要求，保障患者用药安全。
