根及根茎类中药含量测定的主要指标通常包括有效成分或活性物质的含量，这些成分对于药物的功效起着决定性作用。具体来说，主要指标可以分为几大类：
1. 生物碱：如黄连中的小檗碱、延胡索中的延胡索乙素等，生物碱是许多根及根茎类中药的重要活性成分。
2. 黄酮类化合物：例如丹参中含有的丹参酮ⅡA和丹酚酸B，这类物质具有抗氧化、抗炎等多种生物学作用。
3. 皂苷：如人参中的主要有效成分为人参皂苷，具有增强免疫力、改善心血管功能等效果。
4. 香豆素类：如独活中含有的香豆素成分，对于风湿性关节炎有一定的治疗作用。
5. 挥发油：部分根及根茎类中药含有挥发油作为其主要活性物质之一，如白芷中的欧前胡内酯等。
6. 多糖：一些药材中含有丰富的多糖，比如黄芪中的人参多糖，具有调节免疫、抗疲劳的作用。
7. 其他特殊成分：根据不同的植物来源，还可能含有其他类型的活性成分，如苷类（如甘草中的甘草甜素）、鞣质等。

在进行含量测定时，通常会采用高效液相色谱法(HPLC)、气相色谱法(GC)、紫外-可见分光光度法(UV-Vis)等多种现代分析技术来准确测定上述各种成分的含量。这些方法能够提供精确的数据支持，确保中药的质量控制和临床应用的安全性与有效性。

此外，在实际操作中还需要考虑药材的采集时间、加工方法等因素对有效成分的影响，以保证最终产品的质量稳定可靠。