主管中药师在运用治则进行治疗时，首先需要对患者进行全面细致的诊断。中医认为，人体是一个有机整体，疾病的发生发展与人的体质、生活方式、环境因素等密切相关。因此，在制定治疗方案前，主管中药师需通过望闻问切四诊合参的方法，了解患者的病情特点、病因病机以及身体状况。
1. 明确诊断：根据《黄帝内经》等经典理论，结合现代医学知识，准确判断疾病的性质（如寒热虚实）、部位及发展趋势。这是运用治则的前提和基础。
2. 确定治法：依据辨证的结果，选择合适的治疗方法。中医治疗讲求“因人制宜”，即根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。常见的治法有汗、吐、下、和、温、清、消、补八大法门。
3. 选方用药：在确定了具体的治法之后，主管中药师需要从大量的经典方剂中挑选出最适合当前病情的处方，并根据患者的体质调整药物剂量或增减某些药材。同时还要注意配伍禁忌，避免产生不良反应。
4. 观察疗效：治疗过程中要密切观察患者的变化，包括症状改善情况、舌象脉象变化等，并据此及时调整治疗方案。
5. 预防复发：疾病治愈后，主管中药师还应指导患者如何通过调整饮食习惯、增强体质等方式防止病情再次发作。

总之，作为主管中药师，在运用治则进行治疗时，要充分体现出中医辨证施治的特点，既要遵循传统医学理论，又要结合临床实践经验，灵活运用各种方法以达到最佳疗效。