清除种子类药材外壳的方法有多种，具体选择哪种方法取决于种子的大小、硬度以及外壳的特点。下面介绍几种常见的清除方法：
1. 手工剥壳：对于一些较大且易于手工操作的种子，如核桃仁等，可以直接用手或专用的小工具进行剥壳处理。这种方法简单易行，但效率较低。
2. 机械去皮：利用专门设计的机械设备去除种子外壳，适用于大规模生产。这些设备通常通过摩擦、撞击等方式将外壳与种子分离。例如，对于一些较小且硬质的种子如薏苡仁等，可以使用振动筛分机或者碾磨机进行处理。
3. 水选法：将待处理的种子浸入水中，利用水的浮力使轻质的外皮漂浮起来，然后通过过滤或捞取的方式去除。此方法适用于那些外壳较薄且密度小于内部果仁的种子类型，如扁豆等。
4. 热处理去壳：对于某些特定类型的种子（比如芝麻），可以先经过短时间高温烘烤使外壳变脆更容易脱落，之后再通过风选或筛分等方式去除。
5. 生物酶解法：近年来研究发现利用生物酶对部分难于物理方法去除的种子外皮有较好的效果。通过添加适当的酶制剂，在一定条件下作用一段时间后，可以有效降解外层物质，便于后续清理工作。

在实际操作过程中，可能需要结合多种方法来达到最佳去壳效果，并且要根据具体药材的特点选择最合适的处理方式。同时注意安全卫生，确保药材质量不受影响。