当在检查过程中发现了不合格的中药材时，主管药师应当采取一系列措施以确保药品的质量安全，并符合相关法律法规的要求。首先，应立即停止该批中药的使用和销售，避免其流入市场造成不良影响。接下来，需要对这批药材进行详细的记录，包括来源、数量、批次等信息，以便追踪问题源头。
随后，主管药师应该组织专业人员对该批中药材进行全面的质量检验，查找不合格的具体原因，如是否因为储存不当导致变质、是否有掺假等问题。同时，要将情况上报给上级主管部门以及药品监督管理部门，并根据其指导进行后续处理。
对于已经使用了该批次药材的患者或机构，应及时通知他们停止使用，并提供相应的解决方案，比如更换合格产品或者给予赔偿等措施。此外，还需加强与供应商之间的沟通协调，确保源头控制好中药材的质量。
最后，在整个事件处理完毕后，主管药师应总结经验教训，完善内部管理制度和流程，提高对中药材质量的监管力度，防止类似问题再次发生。通过这些积极主动的做法，可以有效地保障患者的安全权益和社会公共利益。
