清除中药材非药用部位的主要目的有以下几个方面：
首先，提高药物的有效性。在许多情况下，药材的不同部分含有不同的活性成分，有些部分可能对特定疾病治疗无效甚至有害。通过去除这些非药用部位，可以确保患者服用的药材中有效成分浓度更高，从而提高药效。
其次，减少副作用和毒性反应。一些中药材的部分可能会引起过敏或其他不良反应，这些反应可能是由于该部分含有某些有毒物质所致。因此，在加工过程中清除这些潜在风险点对于保障用药安全非常重要。
再次，保证药物质量的一致性。非药用部位的存在可能会影响药材的纯度及稳定性，进而影响到最终产品的品质控制。去除这些不必要的成分有助于确保每批生产的药品都能达到相同的标准和效果。
最后，便于储存与运输。清除掉那些不必要且占空间的部分后，可以有效减少中药材体积，降低存储成本，并方便物流配送过程中的管理和操作。
总之，清除非药用部位是中药加工过程中一个非常关键的步骤，它不仅能够提高药材的质量和安全性，还能优化其使用效率。
