黄连是一种常用的中药材，其主要活性成分是生物碱。在黄连中，含量最高且最为重要的生物碱是小檗碱（Berberine）。小檗碱具有广泛的药理作用，包括抗炎、抗菌、抗氧化和降血糖等。此外，黄连还含有其他多种生物碱，如黄连碱（Coptisine）、表小檗碱（Epiberberine）、巴马汀（Palmatine）以及药根碱（Jatrorrhizine）。这些生物碱共同赋予了黄连显著的药理活性。

在临床应用中，黄连常用于治疗消化系统疾病、感染性疾病和心血管疾病等。小檗碱作为黄连的主要成分之一，其抗菌作用尤其受到关注。研究表明，小檗碱对多种细菌具有抑制作用，包括革兰氏阳性菌和部分革兰氏阴性菌。此外，小檗碱还能够改善肠道微生态平衡，有助于缓解腹泻等症状。

在中药制剂中，黄连通常与其他药材配伍使用，以增强其药效或减少不良反应。例如，在治疗消化系统疾病时，黄连常与黄芩、大黄等药材合用，以达到清热解毒、止泻的效果。此外，现代研究还发现，小檗碱具有潜在的抗癌作用，这为黄连在肿瘤治疗中的应用提供了新的研究方向。

总之，黄连中主要含有的生物碱是小檗碱，这一成分赋予了黄连多种药理活性，在临床和科研领域都具有重要的价值。