主管药师在制定治疗方案时，应当遵循一系列基本原则，以确保患者能够获得最安全、有效的药物治疗。这些原则主要包括：
1. 安全性优先：首先考虑药物的安全性，评估药物可能产生的副作用和不良反应，尽量选择风险较小的药物。
2. 有效性保障：根据疾病的性质、患者的个体差异（如年龄、性别、体重等）以及疾病的发展阶段，选择最有效的治疗方案。这需要基于最新的临床研究结果和证据支持。
3. 经济性考量：在确保疗效的前提下，考虑患者和社会的经济负担，合理选用价格适宜的药物或治疗方法，避免不必要的浪费。
4. 个性化治疗：针对不同患者的特殊情况进行个体化调整，比如对于有特殊疾病史、过敏史或者正在使用其他药物的患者，需要特别注意药物之间的相互作用及对特定人群的影响。
5. 遵循指南与规范：参考国内外权威机构发布的临床实践指南和标准操作规程，确保治疗方案符合专业标准。
6. 持续监测与评估：在实施治疗过程中，定期跟踪患者的反应情况，及时调整治疗计划。同时也要关注患者的生活质量和社会功能恢复状况。
7. 促进健康教育：向患者及其家属提供必要的药物知识和自我管理技巧培训，增强他们参与自身健康管理的能力。
8. 遵守法律法规：在整个治疗方案的制定与执行过程中，严格遵守相关法律法规的要求，维护患者权益。

通过遵循上述原则，主管药师可以更好地发挥其专业作用，为患者提供优质、高效的服务。