医疗机构如果需要自制制剂，首先应当确保该制剂是临床确需且市场上没有供应的品种。申请批准文号的过程主要包括以下几个步骤：

第一步，准备材料。申请人需要向所在地省级药品监督管理部门提交一系列文件和资料，包括但不限于：医疗机构执业许可证、制剂室（车间）GMP证书或符合要求的相关证明文件；制剂的质量标准及检验报告；制剂的处方组成、工艺流程图及其说明；临床使用情况的总结以及安全性评价资料等。

第二步，进行现场检查。药品监督管理部门将组织专家对申请单位的生产条件和技术能力进行实地考察和评估，确保其具备相应的设施设备、技术人员和质量管理体系。

第三步，技术审评。省级药品监督管理部门收到完整申报材料后会委托专业机构或组织相关领域专家对该制剂的安全性、有效性及质量可控性等进行全面的技术审查。

第四步，审批决定。经过上述审核流程，对于符合要求的申请，药品监督管理部门将予以批准，并发放医疗机构制剂注册批件和批准文号；对不符合条件者，则不予许可并说明理由。

第五步，定期复审与变更管理。取得批准文号后，医疗机构还需按照规定接受定期的质量监督抽查，并在发生重大变更时及时报备更新相关资料。

整个申请过程可能需要一定的时间周期，请提前做好准备。同时，各地的具体要求可能会有所不同，请以当地药品监督管理部门发布的最新指南为准。