醌类化合物是一大类具有苯环上两个碳原子被氧化成羰基结构特征的有机化合物，它们在自然界中广泛存在，并且具有重要的生物活性。根据其化学结构的不同，可以将醌类化合物主要分为以下几种类型：
1. 苯醌：这是最简单的醌类化合物，其基本结构是一个六元环上含有两个碳氧双键（C=O）。苯醌是醌类中最基础的类型，例如对苯醌。
2. 萘醌：萘醌是由一个萘分子中的两个相邻碳原子被氧化成羰基形成的。这类化合物具有更大的共轭系统，因此表现出更强的颜色和生物活性。常见的例子有维生素K1（植物甲萘醌）。
3. 蒽醌：蒽醌来源于蒽环结构，在其两侧各有一个或多个的羰基。它们通常呈现出红色至紫色，并且在许多植物中作为天然色素存在。大黄中的有效成分之一就是蒽醌类化合物。
4. 菲醌：菲醌是由一个苯环与一个萘环通过共用两个碳原子连接而成，这两个共享的碳原子上各有一个羰基。这类化合物相对较少见，但仍然在一些植物中被发现，并且显示出一定的药理作用。
5. 环烯醚萜类中的醌式结构：虽然严格意义上不完全属于上述几类，但在某些环烯醚萜类化合物中也可以观察到类似醌的氧化形式，这些分子通常具有复杂的立体化学结构以及显著的生理活性。

以上就是醌类化合物的主要分类。每种类型的醌都可能含有多种具体的化合物，它们在药理学、食品科学等领域有着广泛的应用价值。