根茎是地下茎的总称，包括根状茎、块茎、球茎及鳞茎等，其显微鉴别要点主要从组织构造和粉末特征两方面来把握。

从组织构造来看，首先要区分双子叶植物根茎和单子叶植物根茎。双子叶植物根茎一般具木栓层，有的有表皮。如黄连根茎有木栓层，而少数根茎为次生构造不发达的初生构造，无木栓层而有表皮，如升麻。皮层中常有根迹维管束和叶迹维管束斜向通过。维管束大多为无限外韧型，少数为双韧型，多呈环状排列，束间被髓射线分隔。中央有髓部，这是双子叶植物根茎的典型特征之一。异常构造也较为常见，如大黄根茎，其髓部有异型维管束。

单子叶植物根茎通常有表皮或木栓化皮层细胞。皮层宽广，常有叶迹维管束散在。内皮层大多明显，具凯氏带。维管束为有限外韧型或周木型，散列分布，无髓部。比如石菖蒲根茎，就具有典型的单子叶植物根茎的组织构造特征。

蕨类植物根茎的组织构造与双子叶、单子叶植物根茎有所不同。其表皮通常为一列外壁加厚的细胞。皮层发达，内皮层明显。中柱类型多样，有原生中柱、管状中柱、网状中柱等。例如绵马贯众根茎为网状中柱。

从粉末特征来看，根茎粉末中常见的细胞组织有厚壁组织，如纤维、石细胞等，它们的形状、大小、壁的厚度及纹孔等特征对鉴别有重要意义。导管也是重要的鉴别特征，不同类型的导管，如环纹、螺纹、梯纹、网纹和孔纹导管，其出现频率和形态特点可用于区分不同的根茎类药材。此外，根茎中还可能含有淀粉粒、草酸钙结晶等，淀粉粒的形状、大小、脐点和层纹情况，草酸钙结晶的类型（如簇晶、针晶、方晶等）及存在状态，都能为根茎的鉴别提供重要线索。

根茎的显微鉴别要点涵盖了组织构造和粉末特征的多个方面，通过综合观察和分析这些特征，能够准确地鉴别不同的根茎类药材。