巴豆与西瓜霜制霜在多个方面存在明显差异。

首先是原料不同。巴豆制霜的原料是巴豆，它是大戟科植物巴豆的干燥成熟果实，有大毒。而西瓜霜制霜的原料主要是西瓜和芒硝，西瓜为葫芦科植物西瓜的成熟果实，芒硝为含硫酸钠的天然矿物经精制而成的结晶体。

在制霜方法上，巴豆制霜一般采用去油制霜法。先将巴豆除去杂质并碾碎，然后用多层吸油纸包裹，加热并压榨，反复换纸，使巴豆中的油脂尽量除去，以降低其毒性，得到松散的粉末状巴豆霜。西瓜霜制霜则是采用渗析制霜法。将新鲜西瓜切开，放入芒硝，再将瓜皮盖上，悬挂于阴凉通风处，待西瓜表面析出白色结晶，即为西瓜霜，这是利用了西瓜清热解暑、芒硝泻下软坚的特性，通过渗析作用使有效成分结晶析出。

从性味与功效来看，巴豆味辛，性热，有大毒，具有峻下冷积、逐水退肿、豁痰利咽、外用蚀疮的功效，多用于寒积便秘、腹水臌胀等病症。巴豆霜降低了毒性，且药力较为缓和，可用于寒积便秘轻症。西瓜霜味咸，性寒，具有清热泻火、消肿止痛的功效，主要用于咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛或出血等，是治疗口腔咽喉部疾病的常用药，其寒性相对缓和，更适合用于热证的轻症或作为日常保健用药。

在临床应用的安全性上，巴豆毒性大，使用时必须严格控制剂量，且孕妇及体弱者忌用。而西瓜霜相对安全，不良反应较少，可在医生指导下较为广泛地应用于口腔咽喉疾病的治疗。