黄柏皮根据来源不同分为关黄柏和川黄柏，其显微鉴别要点各有特点。

关黄柏横切面的显微鉴别要点如下：木栓细胞多列，皮层比较狭窄，石细胞单个或成群散在分布，石细胞大多呈类圆形、类长方形，有的呈分枝状，壁极厚，孔沟明显。韧皮部宽广，射线宽2 - 4列细胞，韧皮纤维束众多，与韧皮薄壁组织和筛管群交互排列成层带，纤维黄色，壁极厚，周围薄壁细胞含草酸钙方晶，形成晶纤维。薄壁细胞中含有细小的淀粉粒和草酸钙方晶，黏液细胞随处可见。

川黄柏横切面的显微鉴别要点：木栓层由多列细胞组成，有的可见落皮层。皮层较薄，散有石细胞群，石细胞形状多样，如类圆形、长圆形或不规则形，壁甚厚，层纹明显。韧皮部占比较大，射线宽2 - 5列细胞，韧皮纤维束众多，纤维黄色，壁厚，周围的薄壁细胞中常含草酸钙方晶，形成晶纤维，且纤维束切向排列成断续的层带。薄壁细胞中含有草酸钙方晶和淀粉粒，也可见黏液细胞。

粉末鉴别方面，关黄柏粉末呈绿黄色或黄色，纤维鲜黄色，常成束，周围细胞含草酸钙方晶，形成晶纤维；石细胞鲜黄色，类圆形或类多角形，有的呈分枝状。草酸钙方晶众多。川黄柏粉末也为黄色或深黄色，纤维及晶纤维较多，石细胞黄色，呈类圆形、类长方形，有的呈不规则分枝状，壁极厚，层纹细密。草酸钙方晶呈多面形或双锥形。通过这些显微特征，可以准确鉴别黄柏皮。