药理学基础理论是研究药物与机体相互作用及其规律和作用机制的一门学科，它包含多个重要方面。

药物效应动力学，简称药效学，主要研究药物对机体的作用及作用机制。药物作用具有选择性，即药物在适当剂量时只对某些组织或器官产生明显作用，而对其他组织或器官作用不明显。例如洋地黄对心脏有高度选择性，能增强心肌收缩力。药物作用还有治疗效果，分为对因治疗和对症治疗。对因治疗是消除致病因素，如用抗生素杀灭病原微生物；对症治疗是改善症状，如用解热镇痛药降低体温。同时，药物还可能产生不良反应，包括副作用、毒性反应、变态反应等。副作用是在治疗剂量下出现的与治疗目的无关的作用，如阿托品用于解除胃肠痉挛时，可引起口干等副作用。

药物代谢动力学，简称药动学，研究药物在机体的影响下所发生的变化及其规律。药物的体内过程包括吸收、分布、代谢和排泄。吸收是药物从用药部位进入血液循环的过程，不同给药途径吸收速度不同，如静脉注射直接进入血液，吸收最快。分布是药物随血液循环到达各组织器官的过程，药物在体内的分布受多种因素影响，如药物与血浆蛋白的结合率、组织器官的血流量等。代谢主要在肝脏进行，通过各种酶的作用使药物发生化学变化，大多数药物经过代谢后活性降低或消失。排泄是药物及其代谢产物排出体外的过程，肾脏是主要的排泄器官。

此外，还有受体理论。受体是存在于细胞膜、细胞浆或细胞核上的大分子蛋白质，能识别周围环境中某种微量化学物质，并与之结合后通过中介的信息转导与放大系统，触发后续的生理反应或药理效应。药物与受体结合后可产生激动作用或拮抗作用。激动药能激活受体，产生与内源性配体相似的作用；拮抗药能与受体结合，但不产生效应，反而占据受体，阻碍激动药的作用。

这些药理学基础理论相互关联，共同为临床合理用药提供了重要依据，有助于医生根据患者的病情和身体状况，选择合适的药物、确定恰当的剂量和给药途径，以达到最佳的治疗效果，减少不良反应的发生。