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黄芩主要有效成分为黄酮类化合物，药理作用主要有：
1）抗菌、抗病毒作用：
黄芩素和汉黄芩苷元是抗菌有效成分；
5,7,4‘-三羟基-8-甲氧基黄酮是黄芩抗流感病毒的有效成分之一；
2）镇静、降血压作用；
3）降脂、保肝、利胆作用：黄芩苷对由四氯化碳、半乳糖胺等所致的动物实验性肝损伤有明显的防治作用；
4）抗氧化作用：黄芩新素II和2',5,5,7-羟基6',8-甲氧基黄酮对过氧化脂质（LOP）的生成有显著抑制作用；
5）抗凝血和抗血栓形成；
6）促进细胞免疫和抗肿瘤作用；
7）黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素均有明显的利尿作用。
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