针灸治疗咽喉肿痛主要基于中医理论中的经络学说和脏腑学说。在中医学中，认为人体的健康与疾病状态是由气血运行是否畅通、阴阳平衡是否协调所决定的。当人体受到外邪侵袭（如风热）、内伤情志（如忧思过度）或饮食不当等因素影响时，可能导致咽喉部位经络阻塞、气血不畅，从而引发咽喉肿痛等症状。

针灸通过刺激特定穴位来调整机体功能，达到治疗目的。具体来说：
1. 调节局部血液循环：针刺可以促进颈部及咽部的血液流动，改善微循环状况，加速炎症吸收，缓解疼痛感。
2. 清热解毒、消肿止痛：根据中医理论，咽喉肿痛多因风热上攻所致。选择具有清热解毒作用的穴位如少商穴（手太阴肺经）、合谷穴（手阳明大肠经）等进行针刺，能够起到清泻邪火、消除炎症的效果。
3. 调和脏腑功能：咽喉为肺胃之门户，与肺胃两脏关系密切。通过针灸相关穴位如天突穴（任脉）、内关穴（手厥阴心包经）等，可调和肺胃功能，使上焦气机顺畅，进而减轻症状。
4. 激发机体免疫反应：现代研究发现，针灸可以激活人体的免疫系统，增强局部组织对病原微生物的抵抗力，有助于病情恢复。

综上所述，针灸治疗咽喉肿痛不仅能够直接缓解疼痛和炎症，还能通过调整全身机能状态来达到根治目的。但需要注意的是，在临床应用中应结合患者具体情况选择合适的治疗方法，并在专业医师指导下进行操作。