治疗疟疾在中医药学中有着悠久的历史，根据《神农本草经》、《伤寒杂病论》等古代医书的记载，以及现代临床应用的经验，常用的中药主要包括以下几种：
1. 青蒿：青蒿是目前最常用且效果最好的抗疟药物之一。其主要成分青蒿素对恶性疟原虫有很强的杀灭作用，能够快速降低血液中的疟原虫数量。青蒿不仅在中国传统医学中被广泛应用，在世界卫生组织推荐的抗疟治疗方案中也占据重要地位。
2. 常山：常山具有解热、截疟的功效，适用于寒热往来、头痛身痛等症状明显的疟疾病人。
3. 柴胡：柴胡能疏肝解郁、和解表里，对于因情绪波动引起或加重的疟疾症状有一定的缓解作用。
4. 黄连：黄连性味苦寒，具有清热燥湿、泻火解毒的作用。在治疗由湿热内蕴所致的疟疾时可与其他药物配伍使用。
5. 金银花：金银花能够清热解毒、凉血止痢，对于伴有高烧不退、咽喉肿痛等症状的疟疾病人尤为适宜。
6. 草果：草果能温中散寒、行气消胀，适用于脾胃虚寒型疟疾患者。
7. 五味子：五味子具有敛肺滋肾、生津止渴之效，可用于治疗疟疾后期出现的口干舌燥症状。

在实际应用过程中，中医师会根据患者的体质及病情特点选择合适的药物进行个体化治疗。同时需要注意的是，虽然上述中药对于治疗疟疾有一定的疗效，但严重或复杂病例仍需结合现代医学手段综合施治，并在专业医师指导下使用。