清胃散出自《脾胃论》，具有清胃凉血的功效，主治胃火牙痛，其君药为黄连。下面从方剂功效、黄连药性及黄连在方中发挥的具体作用等方面来详细阐述其作为君药的依据。

从清胃散的功效来看，它主要针对的是胃火炽盛导致的一系列病症。胃火上炎可表现为牙痛牵引头疼，面颊发热，其齿恶热喜冷，或牙宣出血，或牙龈红肿溃烂，或唇舌颊腮肿痛等。治疗的关键在于清泻胃火，而黄连正具备这样的功效，能够直击病因，解决主要问题。

黄连是一味大苦大寒之品。苦能燥湿，寒能清热。在中医理论中，它归心、脾、胃、肝、胆、大肠经，尤其擅长清中焦脾胃和大肠的湿热，对于胃热更是有显著的清泻作用。《本草正义》中提到黄连“大苦大寒，苦燥湿，寒胜热，能泄降一切有余之湿火”，这充分说明了黄连在清热泻火方面的强大能力。

在清胃散中，黄连的具体作用十分关键。它能直折胃腑之热，针对胃火炽盛这一主要病机。胃热得清，则牙痛、牙龈红肿、出血等症状自然会得到缓解。而且黄连不仅能清热，还可以防止热邪进一步蔓延和加重病情。它与方中的其他药物相互配合，如配伍升麻，升麻有清热解毒、升散郁火之功，可引黄连上达清胃，两药一降一升，相反相成，既清胃火又不致凉遏太过。

综上所述，黄连因其独特的药性和在清胃散中针对主要病因病机发挥的关键作用，成为清胃散的君药。它在方剂中起到了主导作用，是解决胃火炽盛问题的核心药物，为整个方剂治疗胃火牙痛等病症奠定了基础。