清骨散的君药是银柴胡。清骨散出自《证治准绳·类方》，具有清虚热、退骨蒸的功效，主治肝肾阴虚，虚火内扰证，症见骨蒸潮热，或低热日久不退，形体消瘦，唇红颧赤，困倦盗汗，或口渴心烦等。
从药物功效来看，银柴胡甘苦微寒，入肝、胃经。其功效特点在于既能清虚热，又能除疳热，对于阴虚内热所致的骨蒸劳热有很好的治疗作用。骨蒸潮热是肝肾阴虚，虚火内扰的典型表现，银柴胡针对这一主要病机，能够直接发挥清退虚热的作用，从根本上缓解患者的主要症状。
从方剂配伍角度分析，君药是针对主病或主证起主要治疗作用的药物。在清骨散中，其他药物如胡黄连、秦艽、鳖甲、地骨皮、青蒿、知母、甘草等，都是围绕银柴胡发挥协同或辅助作用。胡黄连辅助银柴胡增强清虚热的功效；秦艽、青蒿能透达伏热，使邪有出路；鳖甲、知母滋阴清热；地骨皮凉血退蒸；甘草调和诸药。这些药物相互配合，共同辅助银柴胡更好地发挥清退虚热、治疗骨蒸潮热的作用。
综上所述，银柴胡在清骨散中针对主病主证起主要治疗作用，且其他药物围绕其进行配伍以增强疗效，所以银柴胡是清骨散的君药。
