咳嗽在针灸选主穴时，需要根据其证型分为外感咳嗽和内伤咳嗽来分别选取。

对于外感咳嗽，主要是由于外邪侵袭肺系所致，在治疗上应以疏风解表、宣肺止咳为原则。其主穴选取列缺、合谷、肺俞、太渊。列缺为手太阴肺经络穴，能宣肺散邪、祛风通络，善治头项、肺部疾病，可有效缓解咳嗽等症状。合谷是手阳明大肠经原穴，与肺经相表里，两经气血相通，针刺合谷可疏风解表，增强宣肺之力。肺俞为肺之背俞穴，是肺气输注于背部的特定穴位，能调节肺脏的功能，宣肺理气、止咳化痰。太渊为手太阴肺经的输穴、原穴，又是八会穴之脉会，可补肺益气、止咳平喘，对于外感咳嗽引起的肺气失宣有很好的治疗作用。

内伤咳嗽多因脏腑功能失调、内邪干肺所致，治疗原则为调理脏腑、止咳化痰。主穴选取太渊、三阴交、肺俞。太渊如上述，能补肺益气，是治疗内伤咳嗽的关键穴位。三阴交为足三阴经交会穴，可调理肝、脾、肾三脏的功能，使气血调和，间接起到调理肺脏的作用。因为内伤咳嗽的病因常与肝、脾、肾等脏腑功能失调有关，通过调理三阴交可从根本上改善脏腑功能，以达到止咳的目的。肺俞同样能直接调节肺脏功能，宣肺化痰、止咳平喘。

在临床应用中，还需根据患者的具体症状进行配穴，以提高治疗效果。同时，针灸治疗咳嗽需要专业医生操作，以确保安全和有效性。