痢疾是因外感时邪疫毒，内伤饮食而致邪蕴肠腑，气血壅滞，传导失司，以腹痛腹泻，里急后重，排赤白脓血便为主要临床表现的具有传染性的外感疾病。其病因病机较为复杂，主要包括以下几个方面。

从病因来看，主要有外感和内伤两个方面。外感方面，外感湿热、疫毒之邪是常见原因。湿热之邪多在夏秋之季，气候炎热，雨水较多，湿热交蒸，人体易感受湿热邪气；疫毒之邪则具有强烈的传染性，一旦染受，病情往往较为严重。内伤方面，主要是饮食不节或不洁。平素嗜食肥甘厚味，或误食馊腐不洁之物，损伤脾胃，酿生湿热，湿热内蕴，下注大肠，可引发痢疾。若饮食过于生冷，损伤脾胃阳气，寒湿内生，也可导致寒湿痢的发生。

从病机角度而言，基本病机为邪蕴肠腑，气血壅滞，传导失司，脂络受伤而成痢。当邪气入侵肠道后，首先会影响肠道的气机通畅，导致气血运行不畅，出现气血壅滞的情况。气血与邪气相搏结，肠道传导功能失常，就会出现腹痛、腹泻、里急后重等症状。同时，邪气还会损伤肠道的脂膜和血络，使得肠道气血和津液化为脓血，从而形成赤白相间的痢疾样大便。

痢疾的发生还与人体正气的强弱密切相关。若人体正气充足，即使感受外邪或内伤饮食，也不一定会发病；而正气虚弱之人，尤其是脾胃虚弱者，更容易被邪气所侵袭，发病后病情也往往缠绵难愈。此外，痢疾病情的发展和转归与邪气的性质、感邪的轻重、患者的体质等因素有关。若湿热疫毒之邪较重，可迅速内陷营血，出现高热、神昏、痉厥等危候；若痢疾迁延不愈，可由实转虚，形成虚寒痢或休息痢。