《内经》对病因的论述较为全面，为中医病因学的发展奠定了基础，主要包括以下几类：
首先是外感病因。《内经》中提到“虚邪贼风，避之有时”，这里的虚邪贼风指的就是外界的异常气候，如风寒暑湿燥火六气，在正常情况下称为六气，当人体正气不足，六气太过或不及，就会成为致病因素，变为六淫邪气。比如寒邪侵袭人体，寒性收引、凝滞，可导致经脉拘挛、气血运行不畅，出现疼痛等症状；风邪为百病之长，善行而数变，常与其他邪气结合致病，如风寒、风热等。
其次是内伤病因。《内经》强调“怒伤肝，喜伤心，思伤脾，忧伤肺，恐伤肾”，指出情志过激会导致人体脏腑功能失调而发病。长期过度的情绪波动，会影响气机的正常运行，如大怒则气上，可导致头晕目眩、甚至昏厥；过喜则气缓，可出现精神涣散等症状。此外，饮食不节也是重要的内伤病因。《素问·生气通天论》说“因而饱食，筋脉横解，肠澼为痔；因而大饮，则气逆”，说明过食、过饥、饮食偏嗜等都会损伤脾胃等脏腑，影响人体健康。
再者是其他病因。《内经》还提及了外伤因素，如金刃、虫兽所伤等；还有一些疾病与先天因素有关，如某些先天性的生理缺陷等。总之，《内经》对病因的认识较为系统和深刻，为后世中医临床防治疾病提供了重要的理论依据。
