临床应用阿莫西林的不良反应发生率约为5-6%，因反应而停药者约2%。其主要不良反应有：
1.过敏反应症状 可出现药物热、荨麻疹、皮疹和哮喘等，尤易发生于传染性单核细胞增多症者。少见过敏性休克。
2.消化系统症状 多见腹泻、恶心、呕吐等症状，偶见假膜性结肠炎等胃肠道反应。
3.血液系统症状 偶见嗜酸粒细胞增多、白细胞减少、血小板减少、贫血等。
4.皮肤粘膜反应 偶见斑丘疹、渗出性多形性红斑、Lyell综合征、剥脱性皮炎。
5.肝、肾功能紊乱 少数患者用药后偶见血清氨基转移酶轻度升高、急性间质性肾炎。
6.其它 兴奋，焦虑，失眠，头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。长期使用本药可出现由念珠菌或耐药菌引起的二重感染。
7.静脉注射量大时可见惊厥、嗜酸性粒细胞增多。
