扁枝石松含生物碱：石松碱(lycopodine)，N-甲基石松嵩碱（N-methyllycodine）等；萜类化合物：α-芒柄花醇（α-onocerin），千层塔烯二醇（serratenediol），21-表千层塔烯三醇（21-episerratenetriol），石松三醇（lycoclavanol），21-表千层塔烯二醇（21-episerratenediol），21-表石松稳四醇（21-epilycocryptol），石松四醇酮（lycoclavanin），石松五醇（lyclanitin），二表千层塔烯二醇（diepiserratenediol），千层塔三醇（tohogenol），16-氧代千层塔烯三醇（16-oxoserratriol）及16-氧代石松三醇（16-oxolycoclavanol）；甾醇类化合物：谷甾醇（sitosterol），豆甾醇（stigmasterol），麦角甾醇（ergosterol）及二氢菜子甾醇（dihydrobrassicasterol）等。
