孕妇妊娠以后5周，胚胎性腺开始发育，避孕药中的雌激素和孕激素，对胎儿性器官的发育会产生不利影响。避孕药可使胎儿发生四肢畸形、内脏畸形或者脊柱、肛门、外生殖器畸形。并且口服避孕药会增加染色体畸变率，尤其是染色体断裂率会显著增高。所以口服避孕药的妇女如想怀孕时，应在计划怀孕前半年停服避孕药。
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