目的：是改变原有的性能，产生新的疗效，扩大用药范围，如六神曲、淡豆豉；亦可增强疗效，如半夏曲。
操作方法：根据不同品种，采用不同的方法进行加工处理后，再置于温度、湿度适宜的环境下进行发酵。常用的方法有药料与面粉混合发酵，如六神曲、建曲、半夏曲、沉香曲等。另一类是直接用药料进行发酵，如淡豆豉、百药煎等。一般发酵最佳温度以30～37℃为宜，相对温度控制在70%～80%为宜。混和发酵时，经验认为，以“握之成团，指间可见水迹，放下轻击则碎”为宜。
品质要求：气味芳香，无霉味、酸败味；曲块表面霉衣黄白色，内部有斑点为佳。黑色质差。医学教育网搜|索整理
六神曲神曲由面粉100kg，杏仁、赤小豆各4kg，鲜青蒿、鲜辣蓼、鲜苍耳草各7kg.药料经粉碎，和青蒿、辣蓼、苍耳草煎汁混合，拌匀，成形，堆曲，发酵，切块，干燥而成。有神曲、炒神曲和焦神曲三个规格。生六神曲健脾开胃，并有发散作用；麸炒后以醒脾和胃为主，用于食积不化，脘腹胀满，不思饮食，肠鸣泄泻等；炒焦后消食化积力强，以治食积泄泻为主。
